La Consejería de Medio Ambiente y Ordenación del Territorio, a través de la Agencia de Medio Ambiente y Agua, ha utilizado por vez primera drones propios para la realización del conteo de pollos de flamenco en las colonias de esta especie en Marismas del Odiel (Huelva), y Fuente de Piedra (Málaga). Esta herramienta permite captar imágenes en posiciones más óptimas para el conteo posterior en gabinete, a la vez que se minimizan las molestias a los pollos.
El dron ha sido diseñado específicamente para el seguimiento de fauna, lo que permite reducir el impacto sobre la misma, debido a la reducción en huella sonora y detectabilidad, permitiéndole trabajar a mayor distancia sin perder resolución. Además, los pilotos que tripulan estas aeronaves son biólogos con años de experiencia en seguimiento de fauna amenazada, con capacidad para interpretar el impacto que están provocando sobre las especies objeto y poder actuar en consecuencia. Asimismo, la toma de imágenes aéreas así como su posterior tratamiento técnico permite un margen mínimo de error en la elaboración del censo, es decir, aumenta el grado de precisión.
El trabajo de conteo de los nuevos pollos de flamenco común se realiza de forma previa al anillamiento. Para ello, se analizan las denominadas «guarderías», en las que los nuevos ejemplares se agrupan buscando protección, y donde son custodiados por unos pocos de adultos, mientras que el resto de progenitores está buscando alimento que les llevan posteriormente.
La planificación del dispositivo de captura y marcaje de los nuevos pollos requiere que este conteo de la guardería sea lo más exacto posible, y para ello desde los inicios se ha ido mejorando en busca de una mayor precisión de esta información. En los primeros años se realizaban los conteos desde tierra (con grandes dificultades y errores), sustituidos posteriormente por análisis de fotografías aéreas tomadas desde avionetas tripuladas que, aunque mejoraba notablemente la precisión, suponía unos costes altos, y podía condicionar la conducta de los pollos, así como una mayor exposición a riesgos laborales para el personal encargado de estas tareas.
Desde el año 1986, Medio Ambiente realiza un seguimiento intensivo del flamenco que incluye el análisis de sus parámetros reproductivos, así como el anillamiento científico de una parte de la población nacida en los dos núcleos reproductores andaluces: Marismas del Odiel y Fuente de Piedra. Esta metodología de marcaje permite, mediante la lectura de las anillas a distancia, proporcionar datos sobre diversos aspectos de la biología de este ave singular, como la estructura de edades, tasa de reclutamiento o la tasa de mortalidad, entre otros parámetros. Todo ello sirve para comprender la dinámica poblacional de la especie y desarrollar una gestión necesaria y racional. En este sentido, el flamenco común es de las especies que más información reporta con este tipo de metodología.